Dès les premières années, l’activité du CNJCF a été essentiellement tournée vers des actions de formation de « jardiniers-formateurs ». Ces actions ont fait l’objet de conventions entre l’ONEMA, agissant par délégation du Ministère en charge de l’environnement, et le CNJCF, et s’inscrivent dans le cadre de projets choisis au titre de l’axe 7 du plan ECOPHYTO. Elles ont été assurées, au plan pédagogique, par le CFPPA « Bougainville » de Brie-Comte-Robert, sur la base d’un projet établi par le CNJCF et validé par le Ministère en charge de l’environnement, et ont été ouvertes à partir de 2012.
Dans le cadre d’une veille réglementaire exigeante, le CNJCF est amené à intervenir auprès des parlementaires, chaque fois que la cause des jardins collectifs le justifie. Ainsi, en 2013, à l’occasion du débat sur le projet de loi ALUR, est-il intervenu pour inscrire les jardins collectifs dans le Code de l’urbanisme, alors que seul le Code rural en fait cas, afin de protéger davantage les jardins collectifs en zone urbaine, mais cette proposition n’a pas été retenue.
Le CNJCF est associé à des projets de recherche, tel le projet JASSUR (Jardins Associatifs Urbains et Villes Durables), projet qui se propose d’éclairer de façon interdisciplinaire les fonctions, les usages, les modes de fonctionnement, les avantages ou les dangers potentiels qu’induisent les jardins associatifs au sein des villes durables en émergence. Ce projet se propose aussi d’identifier les modes d’action nécessaires au maintien, voire à la restauration, au développement ou à l’évolution de ces jardins associatifs sur des territoires urbains confrontés aux défis de la durabilité.
Enfin, le CNJCF est adhérent de l’association « pacte pour le jardin » depuis 2013.